Kommunerna har ett ansvar att arbeta med naturvård bland för att uppfylla de nationella miljömålen. Detta sker genom skötsel av kommunernas mark samt genom medverkan i olika projekt. En stor del av arbetet består i att bevaka naturvårdens intressen vid prövning och planläggning.
I Mariestads kommun finns två kommunala naturreservat. Gamla Ekudden som bildades 1993 och Sandviken som bildades 2007.
Mariestad kommun medverkar bland i arbetet med Tidanöringen som drivs av Mariestads sportfiskeklubb
I Mariestad, Töreboda och Gullspång finns sammanlagt 21 statliga naturreservat.
Biotopskydd gäller för alla alléer, källor, odlingsrösen, pilevallar, småvatten och våtmarker i jordbrukslandskap, stenmurar i jordbrukslandskap och åkerholmar. Dessa miljöer får inte skadas utan särskilt tillstånd från Länsstyrelsen. Dessutom kan Länsstyrelsen inrätta särskilda biotopskyddsområden med skötselanvisningar.
För åtgärder som påtagligt kan påverka naturen krävs att man först samråder med Länsstyrelsen.